«Pendant très longtemps, on sélectionnait les taureaux sur leur descendance. Il fallait 3 à 5 ans pour connaître leur valeur. Maintenant on peut prédire leur valeur, dès leur naissance et même avant», a indiqué Christophe Audebert, en charge de la recherche et de la sélection chez Gènes Diffusion, lors d’une rencontre en visioconférence avec l’Association des journalistes agricoles, le 18 novembre dernier.

Le décryptage du génome a littéralement bouleversé les méthodes de sélection. Exit la sélection généalogique à partir de laquelle on testait les animaux depuis la fin du XIXe siècle. Place désormais à la sélection génomique prédictive qui permet d’accélérer le progrès génétique dans le temps.

Avant d’en arriver là, il y a eu l’intermède des années 1980-1990 avec la phase de la sélection assistée par marqueur sur les gènes. «Si elle se révèle efficace pour des caractères simples, comme le rendement laitier, ou le rendement en sucre de la betterave, elle trouve rapidement ses limites sur les caractères complexes», indique Bruno Desprez, P.-D.G. de Florimond Desprez, un spécialiste de la sélection betteravière

Bref, un nouveau saut technologique a été réalisé au tournant des années 2000 avec la sélection génomique prédictive. Les premiers taureaux ainsi décryptés sur leur génome l’ont été chez les bovins laitiers en 2008. Concernant les plantes, il aura fallu attendre quelques années de plus. Les premières variétés issues de la sélection génomique l’ont été sur le maïs en 2014, puis sur la betterave en 2018-2019, explique Bruno Desprez.

L’importance du microbiote

Aujourd’hui, un nouveau chantier de la sélection s’ouvre tant dans le domaine animal que dans le domaine végétal, c’est celui de l’interaction entre le fonds génétique et le microbiote que l’on désignait autrefois par la flore intestinale chez les animaux.

Ainsi, selon Christophe Audebert, on peut améliorer les performances en intervenant sur les micro-organismes du tube digestif. «Les micro-organismes sont héritables à 0,3 et en jouant sur le microbiote, on peut améliorer le rendement laitier», par exemple, observe-t-il. La flore méthanogène (N.D.L.R. : celle qui est à l’origine des émissions de méthane, un gaz à effet de serre), est également héritable, précise-t-il. Ce qui ouvre un certain nombre de pistes pour réduire des GES émis par les animaux. Chez eux également, le microbiote intestinal aurait «un rôle non négligeable sur la santé», souligne-t-il.

Pour les plantes, l’influence du microbiote tellurique (N.D.L.R. : du sol), «n’est pas négligeable», non plus, estime Bruno Desprez. Il serait un bon indicateur de l’environnement. Ainsi, s’expliquerait que des champs contigus et semblables du point de vue de la nature du sol et soumis aux mêmes méthodes culturales et ensemencés avec des variétés identiques, ne produisent pas les mêmes rendements.

Et à l’inverse, le végétal fait aussi bouger le microbiote environnant du sol. Cet ensemble composé par un organisme animal ou végétal et les micro-organismes qu’il héberge s’appelle l’holobionte. La connaissance plus précise de l’holobionte ouvre aussi de nouvelles perspectives à l’amélioration génétique des plantes comme des animaux.